东莞市公立医院运营服务中心设4个内设机构。

   综合部

   负责本单位文秘、会务、机要、档案、督查、计划生育、后勤、安全保卫、保密、信访、政务公开、综合调研、党务等工作。
   运营服务部

   落实有关卫生经济管理的规章制度。协助统筹公立医院日常运营管理和财务收支监督。协助规范和指导公立医院物价收费工作。对公立医院国有资产保值增效情况进行评价。参与制定和组织实施公立医院发展规划，负责市属公立医院编报预算工作。组织市属公立医院大型仪器设备采购论证等工作。负责本单位日常财务管理工作。
   考核评价部

   参与拟定公立医院运行管理目标、绩效考核指标体系、院长目标责任制考核指标体系等方案并组织实施。推进体制和机制创新，建立健全激励和约束机制，提高医院运行质量和效率。
   质量管理部

   协助组织落实对公立医院医疗、医技、护理、药事等服务质量管理工作。协助组织实施医疗质量控制和医疗服务评价体系建设工作。参与医疗质量安全、医疗风险管理以及医疗纠纷和医疗事故处理工作。参与拟定行业相关规划和服务规范。