猴痘是由猴痘病毒（Monkeypox virus，MPXV）感染所致的一种病毒性人兽共患病，临床表现主要为发热、皮疹、淋巴结肿大。其既往主要发生在中非和西非，病死率为1%~10%，通过接种疫苗可获得有效保护。由于在1980年消灭了天花并随后停止接种天花疫苗，猴痘已成为公共卫生领域最重要的正痘病毒。2022年5月初以来，已有20多个非流行国家发现多例猴痘病例，且已出现人际传播。

猴痘病毒的形态与其它正痘病毒一致，外形为圆角砖形或卵圆形，大小为200nm×250nm，外周为30nm的外膜，环绕匀质的核心体。猴痘病毒基因组为约197kb的两端共价闭合线性双链DNA，编码200余种蛋白质，与天花等其它正痘病毒同源性很高。基因组未端为长约6kb的反向重复序列，呈发夹环结构。计算机辅助分析确定，该病毒基因组含190个开放读码框，其中4个位于未端反向重复序列中。目前其大多数基因的功能和表达状况还不清楚。比较分析猴痘病毒与天花病毒基因组，在基因组中央区多为编码病毒重要复制酶与结构蛋白的基因，同源性很高，而编码毒力与宿主嗜性的基因多位于基因组两端，基因异质性较高。与天花病毒、牛痘病毒等正痘病毒相似，猴痘病毒组装过程中会产生四种不同形态的病毒颗粒：细胞内成熟病毒、细胞内包膜病毒、细胞相关包膜病毒和细胞外包膜病毒。细胞内成熟病毒形态在宿主细胞裂解时释放，被认为是导致宿主间传播的主要形态。

猴痘病毒有西非和刚果盆地（中非）两个不同基因分支，其中刚果盆地（中非）分支在历史上曾导致严重疾病，并被认为更容易传播。两者具有明确的流行病学和临床转归差异。目前西非分支的R0指数低于刚果盆地（中非）分支，西非分支猴痘患者的病死率约为3.6%；而刚果盆地（中非）分支的基本再生数（R0）估计在0.6~1.0，R0上限为1表明其可维持人际传播，其死亡率可达10.6%。

要全面研究猴痘病毒的全基因组，分析基因组结构和功能，以及掌握猴痘病毒属于哪个分支，评估感染病例的临床情况，就要获得准确可靠的全基因组序列。二代测序在获得全基因组序列方面是理想的方案。二代测序分宏基因组测序和扩增子测序两种，扩增子测序是指针对目标病原进行多对引物捕获基因再进行扩增后再测序；而宏基因组测序是指对样品中所有核酸都进行测序再组装分析，两者各有利弊。

目前，我中心实验室具备华大公司的二代测序仪，并备有华大公司的宏基因组测序试剂盒，可以对可疑猴痘病例的样品进行宏基因组测序。