目前，实验室常用的细菌形态结构检查方法是，使用各种显微镜对细菌形态、基本结构、特殊结构、染色性、排列方式及数量作直观检查。细菌形态结构检查法分为3大类：不染色检查法、染色检查法和负染色检查法。
不染色检查法
在不染色的情况下，直接使用普通光学显微镜、暗视野显微镜、相差显微镜观察活体细菌形态、某些内部结构及运动方式的一种方法，主要用途是观察细菌动力，常用的方法有直接涂片法、悬滴法和压滴法3种。
（一）直接涂片法
将不超过24小时的新鲜待检样品如血、粪、尿、痰、组织内或培养基中病原微生物直接涂布于玻片上进行显微镜检测的方法。此法主要用于直接检测多种新鲜活体或者死体病原体。在洁净的载玻片上滴一滴生理盐水，将待检样品在生理盐水中涂抹均匀，用低倍镜观察。如果需要使用高倍镜，应盖上盖玻片。此法的优点是简单，但分辨率不高，有些病原体或病原体的某些特殊结构需染色后才能鉴别。
（二）悬滴法
在盖玻片中央滴加菌液，取特制凹玻片，在凹窝四周涂上凡士林，并将凹窝对准盖玻片菌液处扣上，凡士林贴封四周后迅速翻转，是盖玻片朝上，菌液悬在盖玻片下。静置片刻后，可使用显微镜观察。本法可使标本较长时间观察而不致干燥。
（三）压滴法
在载玻片上用接种环滴加菌液于中央，盖上盖玻片，注意以不产生气泡为佳。该法操作简单，不需特制凹玻片，但液体易干，故观察时间不宜过长，且观察烈性传染病标本时应小心操作，以免造成实验室感染。
染色检查法
将细菌进行各种染色后，再用显微镜观察细菌形态。细菌着色后，增加了细菌可视性，因此在细菌鉴别上较不染色法有更广泛应用。
细菌染色的一般程序包括涂片、固定、染色、脱水、透明、封固。而细菌常用的染色法有单染色法、复染色法、特殊染色法以及荧光染色法等。
（一）单染色法：顾名思义，有一种染料染色的方法。此法只能显示细菌形态及大小，对细菌鉴别价值不大。
（二）复染色法：用两种以上染料染色的方法，此法除显示细菌形态大小外，还有鉴别细菌种类的价值，故也称鉴别染色法。临床上我们使用得最多的一种鉴别染色法是革兰染色法。该法能将所有细菌分为革兰阳性菌和革兰阴性菌两大类，缩小了致病菌鉴定范围，可初步识别细菌然后进一步鉴定。有的凭形态特征就可初步认定细菌。
（三）特殊结构染色法：细菌某些结构，如鞭毛、荚膜、细胞壁、芽孢及异染颗粒等，用普通染色法不易着色，需用特殊染色法。但细菌检验工作中，除异染颗粒染色法比较常用外，其他特殊结构染色法操作费时，且普通染色法亦能区别芽孢和荚膜（普通染色法使菌体着色后，荚膜和芽孢部分由于不着色也能显色出来），故在日常检验工作中特殊结构染色法较少使用。
（四）荧光染色法：用荧光染料进行染色的方法。细菌用荧光染料着色后在荧光显微镜下检查，可在黑背景中观察到细菌发出的明亮荧光。用荧光染色法检查细菌能加快检查速度，提高阳性率。此法既能观察菌体不同构成部分，同时也能观察荧光物质在菌体内的分布和变化情况。被荧光染料染色的活菌短时不死亡，经培养仍能继续增殖，因此还能区别死菌与活菌，这在眼睛定向变异及抗生素和消毒剂对细菌作用上都有很重要的用途。
负染色检查法
指背景着色而细菌本身不着色的染色方法，常用的有墨汁。负染色检查法主要用于观察活体标本，还可用于大致区别死菌和活菌数量。
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